环保酵素与清洁剂混合使用，减少化工清洁剂的使用。处理生活废水具有明显的效果。环保酵素有利于作物的生长发育，能有效抑制病虫害的发展，可提高作物的抗病力和免疫力 。有研究发现环保酵素具有改良土壤盐碱性（环保酵素主要对盐碱土的主要影响因子为pH值，电导率EC和速效钾），提高土壤肥力的作用 。还有研究结果表明，环保酵素对土壤中有机质及磷素含量的提高有一定的效果。在国内外，酵素肥在农业上的应用已经很广泛。但自制的环保酵素之间存在着差异。这与发酵时所采用的厨余(原材料)、发酵环境、发酵菌种和发酵方法等因素有关。
