1987年，巩俐和姜文主演剧情片《红高粱》，影片以抗战时期的山东高密为背景，讲述了男女主人公历经曲折后一起经营一家高梁酒坊，但是在日军侵略战争中，女主人公和酒坊伙计均因参与抵抗运动而被日本军虐杀。
巩俐在影片中扮演女主角九儿，影片最大的特色是拍出了中国人豪迈爽快的一面，跟中国内地电影一贯的哀伤沉重的传统风格大相径庭。
1989年，张艺谋和葛优主演剧情片《代号美洲豹》，影片讲述了两岸同胞之间的故事，巩俐饰演阿丽，这部电影被认为是中国电影商业化和娱乐化尝试中的实验品。
此外剧中一些浅显的表达方式，比如黎明的到来象征两岸和平统一的临近等等，降低了影片的艺术性，巩俐由此走上了探索表演技巧与风格的新阶段。
1990年，巩俐与李保田主演剧情片《菊豆》，影片讲述20世纪20年代，中国某小镇上的染坊主杨金山续弦娶了年轻姑娘菊豆为妻为传宗接代但其性无能，后侄子杨天青与菊豆爱慕生子天百，杨金山死后。
渐已成人的天白后怒杀与母通奸的生父杨天青，菊豆万念俱灰，纵火烧掉杨家世代相传的祖业杨家染坊。巩俐饰演菊豆，影片借此命名多少给人一种红颜祸水，始作俑者之感，将全部的责任推到一个女子身上是不公平的。
